Statistik

Professorerna Jonas Ludvigsson och Anders Ekbom på KI reder ut de grundläggande statistiska begreppen gold standard, sensitivitet, specificitet, cut-off, positivt & negativt prediktivt värde:

Medicinsk statistik – diagnostiska tester

Mycket av statistiken du behöver för ditt vetenskapliga projekt avhandlades på ST-fredagen om epidemiologi och statistik, 2017.04.07. Max Bell, Emma Larsson och Mikael Eriksson föreläste om grundläggande epidemiologi, biostatistik och redde ut hur man ska välja statistisk metod. Kolla på deras föreläsningar igen:

Lägger vi för mycket vikt vid p-värden? Om vi ska sluta rapportera p-värden – vad ska vi använda istället? Bra artikel i JAMA:

Understanding the role of p-values

Manuskriptet

Som ST förväntas du rapportera ditt vetenskapliga projekt i form av ett manuskript. Om man inte har gjort det förut kan det vara svårt att veta var man ska börja! Keep it simple:

  1. Varför valde vi att studera det vi studerade? Vad var syftet med studien?
  2. Vad gjorde vi i praktiken? Förklara så att någon annan kan upprepa studien!
  3. Vad hittade vi?
  4. Varför är fynden intressanta/viktiga?

Anna-Karin Edstedt Bonamy och Michael Fored, forskare på KI, skrev en lättläst och bra artikel i Läkartidningen för några år sedan: ”Att skriva en vetenskaplig artikel – några steg på vägen”. De menar att svaren på frågorna ovan sammanfattar hela din artikel; Svaret på fråga ett är början på introduktionen och svaret på fråga två leder över till metoddelen. Svaret på fråga tre inleder diskussionsdelen, som avslutas med svaret på fråga fyra.

Om du tycker det akademiska språket är svårt så har KI-biblioteket listat några hjälpmedel här.

För att förstå vad som förväntas av dig kan det också vara klokt att läsa vad en erfaren redaktör önskar se i ett manuskript (och vad som ska undvikas). Följande är utdrag ur artikeln ”How I review an original scientific article”, skriven av Frederic G. Hoppin, Jr., Professor på Brown University:

”I spend some time with the abstract to set myself up for the review, i.e., to decide what to look for in the experimental design, methods, results, and bases for conclusions, and particularly to note what the authors think is important in their work.”

“What’s new here compared with their earlier papers?”

”Redundancies, irrelevancies, and unnecessary excursions are relatively minor sins but may impair communication by boring and distracting the reader. Failures to define terms or to use words with precision are more serious because they can mislead.”

”It is astonishing how often authors fail to develop their ideas systematically, i.e., to lead the reader through their thinking. For example, the reader needs to know the basis for the experimental design at the outset.”

” Even worse, an astonishing number of sub- missions fails to be explicit about the logical structure of the study, for example by failing to specify goals, hypotheses, testable predictions of the hypotheses, and conclusions, perhaps under the illusion that the logical structure of the study is so obvious as to “go without saying.”

”I do not shy from identifying lack of clarity, precision, or completeness. I simply assume that if I have difficulty after careful reading so will many other readers.”

Peppad? Sök KI-bibliotekets utmärkta kurs ”Writing science and information literacy”!

Peppad men vill hellre plugga på Stanford? Ta online-kursen ”Writing in the sciences”!

Föredrar du videotutorials? Kolla in dessa från Anna Borgström på KI:s Academic writing support:

Journal club!

Journal club är ett utmärkt sätt att i grupp lära av varandra och tillsammans granska vetenskapliga artiklar från olika perspektiv. I JAMA evidence finns ett utmärkt stöd för hur man kritiskt kan närma sig medicinsk litteratur:

Users’ Guides to the Medical Literature: A Manual for Evidence-Based Clinical Practice, 3rd ed

På ST-fredagen om epidemiologi och statistik hölls en kort journal club där ett enkelt formulär användes som stöd. Titta på formuläret och läs artikeln om konservativ syrgasbehandling med exempelvis följande frågor i huvudet; Vilka utfallsmått studerades? Vad är det huvudsakliga fyndet? Fanns det någon form av bias i metodiken? Kan du generalisera studieresultaten till din egen kliniska vardag? Om nästa steg är att göra en stor multicenterstudie – vad skulle du välja att förbättra i upplägget?

EndNote bäst ingen protest.. eller?

När du ska göra ditt vetenskapliga projekt måste du lära dig att använda ett referenshanteringsprogram för att lätt lägga in artikelreferenser i texten, men även för att automatisera nedladdning av fulltext och därefter organisera artiklarna i olika kategorier, mm. Det program som föredras av de flesta forskare och som tillhandahålles gratis till alla som arbetar i SLL, är EndNote. De medicinska biblioteken erbjuder dessutom gratis kurser i hur du hanterar EndNote och vad man ska tänka på när man arbetar med referenser i vetenskapliga artiklar; vad räknas som allmänbildning och vad måste hänvisas till källan? Vad är det för skillnad på en citering och en referens? Hur refererar man till något som står i en lärobok?

EndNote

Drottningen av referenshantering. En nackdel i vanliga fall är kostnaden men som anställd i SLL är det gratis. Finns desktopvariant och onlinevariant, du kan dela ditt refrensbibiotek med andra i forskargruppen. Funkar som plugin i de flesta ordbehandlingsprogrammen.

Papers

För inbitna Mac-användaren! Samma funktioner som EndNote och fungerar som plugin till Word, Pages, Manuscript. Kostar €73.

Zotero

Gratis och det enda alternativet som funkar om du arbetar i Google Docs (ett enkelt sätt att samarbeta med din handledare i manuskriptfasen och möjliggöra snabbare feedback).

Mendeley

Gratis och bäst på sökbarhet avseende innehåll i pdf-filer.

 

Orphan Anesthesia

Skärmavbild 2017-05-14 kl. 23.29.12

Slogan från orpha.net

SYA:s vårmöte har temat anestesi och samexisterande sjukdomar. I egenskap av anestesiolog på neurocentrum i Solna föreläser jag på mötet om ”Anestesi vid neurologisk sjukdom”.


Klicka här för att komma till föreläsningen i Prezi.

En fin resurs om du stöter på en riktigt, riktigt ovanlig samexisterande sjukdom – en orphan disease – är Orphananesthesia.eu som är skapad av anestesiologer för anestesiologer, eller orpha.net som är patientorganisationens hemsida. Där finns bl.a en förteckning över alla orphan diseases; sjukdomar som drabbar < 200.000 personer:

Skärmavbild 2017-05-14 kl. 23.32.24.png